Par défaut Vim prend mal en charge l'indentation du Javascript, la solution pour y remédier est d'installer un script. Celui que je vous propose dépend d'un autre script nommé IndentAnything.
Installation de IndentAnything
Téléchargez le tar.gz à l'adresse http://www.vim.org/scripts/script.php?script_id=1839 et enregistrez le dans ~/.vim
Puis on le désarchive :
$ cd ~/.vim
$ tar zxvf IndentAnything.tar.gz
Si le répertoire ~/.vim/indent n'existe pas on le créé :